上帝被猿颠覆历史告诫我们说，一种崭新的真理惯常的命运是：始于异端，终于迷信。
    ——（英国）赫胥黎
    哲学的发展从一开始就与自然科学的发展紧密相连，第一批自然哲学家同时也是自然科学家。哲学的发展促进了科学的发展，而科学的发展也对哲学的发展产生了深刻的影响。特别是1859年，达尔文出版的《物种起源》更是引起了哲学界的一场革命。上帝创造了人类这一原来被认为是不可怀疑的真理在有力的科学理论面前展现了自己的胆怯。然而这对于一直自诩居于世俗社会之上的教会来说并不是什么好事，于是顽固的神学哲学和新兴的进化科学之间展开了激烈的争论，在其中表现最突出的便是达尔文的好友、伦敦矿物学院地质学教授赫胥黎。
    在《物种起源》中，达尔文提出了“生物进化论”：生命起源于原始细胞，然后逐渐从简单到复杂、从低级到高级不断发展，最终进化出今天种类繁多的生命形态；生物在进化过程中，相互之间不断进行着生存斗争，并通过自然选择，优胜劣汰。
    显然，达尔文的学说包含了人是从原始细胞进化而来的结论，但达尔文并没有直接提出人是由猿进化而来的理论，这一理论是赫胥黎提出来的。据说，赫胥黎受到《物种起源》的启发，萌生了人和猿来源于同一祖先的想法，又仔细研究了人的头骨、黑猩猩的头骨、猴子的头骨以及这些生物的大脑，最后才提出了人是猿猴进化而来的理论。
    在达尔文之前，欧洲人相信是神或者上帝创造了整个世界，达尔文的进化论否定了教会的说法，动摇了基督教信仰的重要基础，因此，教会对《物种起源》恨之入骨，称其为“魔鬼的圣经”。赫胥黎看完此书后，也预感到它将会激起教会的强烈反对。于是，在给达尔文的信中，赫胥黎热烈赞扬《物种起源》，并说“我正在磨利爪牙，以备来保卫这一高贵的著作”，必要时“准备接受火刑”。
    实际上，赫胥黎的“人猿同祖说”比《物种起源》让当时的人们更难以接受。按照《圣经》的说法，人是上帝按照自己的形象创造的，有灵魂、有智慧、知善恶，人是不同于动物植物的，是上帝创造出来管理自然界的。现在，赫胥黎提出人是由猿猴进化而来的，就把人的位置“降低”到动物界，所以，不仅是教会，普通的老百姓对赫胥黎的说法也非常反感。
    于是，达尔文、赫胥黎与教会之间发生了激烈的冲突，有人还给达尔文寄来一颗子弹进行威胁。在斗争和危险面前，赫胥黎挺身而出，毫不畏惧，骄傲地宣称：“我是达尔文的斗犬。”有一次一个人看到赫胥黎，讽刺地说：“当心，那只狗又来了。”赫胥黎轻蔑地回答说：“是啊，盗贼最害怕嗅觉灵敏的猎犬。”
    1860年6月30日，赫胥黎与大主教威尔伯福斯在英国牛津大学展开了一场关于人类起源的大辩论。
    在辩论中，威尔伯福斯除了援引《圣经》上的说法之外，什么也说不出，而赫胥黎材料翔实，有根有据，把威尔伯福斯驳得哑口无言。最后，威尔伯福斯只得尖刻地反问赫胥黎：“你是从猿祖父还是猿祖母那一支生出来的？”然而，赫胥黎毫不示弱地说：“人类没有理由因为他们的祖先是猴子而感到羞耻，与真理背道而驰才是真正的羞耻。只有那些游手好闲、不学无术而又一心要靠祖先名头的人，才因祖先的野蛮而感到羞耻。”
    为了保卫和宣传进化论和“人猿同祖论”，赫胥黎在此后的30年间，改变了自己的学术研究方向，从地质学转而研究脊椎动物化石。今天，在伦敦南肯辛顿博物馆的达尔文雕像旁，人们也立起了赫胥黎的大理石像。
    从哲学上看，人类首先是动物，与动物有着亲缘关系。即使在本质上人不同于动物，但在生物学意义上，人不能否认自己的动物性。但是，人又不仅仅是动物，人具备很多动物没有的能力。所以，人是动物性和非动物性的统一体，前者是后者的基础，后者是前者的升华。没有动物性的身体，人的一切都不可能存在。人的意识来源于大脑，不能离开身体而存在。